Gizi Kesehatan bermula didirikan dari sebuah Program Studi S-1 sebagai bagian dari Fakultas Kedokteran, Universitas Gadjah Mada berdasarkan Keputusan Rektor Universitas Gadjah Mada Nomor 6/P/SK/HKTL/2003 Tanggal 13 Januari 2003 jo. Nomor 53/P/SK/HKTL/2003 Tanggal 5 Maret 2003 dan Surat Keputusan Dirjen DIKTI Nomor 487/D/T/2004 Tanggal 30 Desember 2004. Kemudian sesuai perkembangannya diperbarui dengan Surat Keputusan Rektor UGM Nomor 74/P/SK/HT/2007 Tanggal 22 Januari 2007 dan Surat Keputusan Rektor UGM Nomor 431/P/SK/HT/2008 Tanggal 2 September 2008.
Pada 31 Juli 2015 dengan diterbitkannya Peraturan Rektor UGM Nomor 809/P/SK/HT/2015 tentang Struktur Organisasi dan Tata Kelola (Governance) Fakultas di Lingkungan Universitas Gadjah Mada yang mengatur perubahan struktur di tingkat fakultas, Program Studi S-1 Gizi Kesehatan mulai saat itu tidak lagi berada di bawah Fakultas secara langsung tetapi di bawah Departemen, yaitu Departemen Gizi Kesehatan.
Di samping itu, nama fakultas juga mengalami perubahan berdasarkan terbitnya Peraturan Majelis Wali Amanat (MWA) UGM Nomor 3/SK/MWA/2017 pada November 2017, dari semula Fakultas Kedokteran sekarang menjadi Fakultas Kedokteran, Kesehatan Masyarakat, dan Keperawatan (FK-KMK).
Departemen Gizi Kesehatan pada saat ini telah berkembang dan memiliki 2 (dua) program studi.
- Program Studi S-1 Gizi Kesehatan yang berstatus terakreditasi “A” oleh LAM-PTKes dan BAN-PT berdasarkan Surat Keputusan Nomor 0485/LAM-PTKes/Akr/Sar/VIII/2019 Tanggal 23 Agustus 2019.
- Program Studi Pendidikan Profesi Dietisien yang berstatus terakreditasi oleh LAM-PTKes berdasarkan Surat Keputusan Nomor 0005/LAM-PTKes/AkrPSB.PTN-BH/Pro/VII/2019
Program Studi Pendidikan Profesi Dietisien pada awalnya pernah dirintis pada tahun 2006 kemudian ditutup pada tahun 2011, karena belum adanya kebijakan di tingkat nasional terkait nomenklatur, akreditasi Program Studi, dan peraturan perundang-undangan profesi dietisien. Program Studi ini merupakan jenjang lanjutan dari program Sarjana (S-1) Gizi Kesehatan yang pelaksanaannya terpisah dari program Sarjana. Pada tanggal 30 April 2019 Program Studi ini kemudian dapat secara resmi dibuka kembali dengan ditetapkannya Surat Keputusan Rektor UGM Nomor 1067/UNI.P/KPT/HUKOR/2019 tentang Pendirian Program Studi Pendidikan Profesi Dietisien FK-KMK UGM.
